प्राचीन समयमा समुद्र मन्थन गर्दा बहुमूल्य रत्नहरू र अमृतसमेत उपलब्ध हुँदा भयङ्कर कालकुट विष पनि अगाडि पर्न आएकोले देवता र असुरहरूबीच कोलाहल मच्चियो। भगवान् शिवले कोलाहललाई साम्य पार्न उक्त विष पान गर्नुभयो। उक्त विष निल्न उपयुक्त नभएकोले आफ्नो घाँटीमा अड्काएर राख्नुभयो। विषको प्रभावले शिवको घाँटी नीलो भयो।

त्यसैले उहाँलाई नीलकण्ठ भनियो। बूढा शब्द आदरार्थी वाचक भएकोले पुजनीय अर्थमा विभूषित गर्न नीलकण्ठको अगाडि बूढा शब्द राखिएको भन्ने हिन्दू धर्मावलम्बीहरू मान्यता छ।

तर यो प्रस्तर मूर्ति भगवान विष्णुको हो भन्ने विश्वास गरिन्छ किन भने मूर्ति, चतुर्भुज भगवान नारायण कै प्रतित हुन्छ। भगवानका चारहातमध्ये तीन हातमा शङ्ख, चक्र र गदा रहेको छन् भने चौथो हातमा कमलको फूल हुनुपर्नेमा अलिकति फरक विभूति खरानीको डल्ला जस्तो रहेको देखिन्छ।

भगवान् नीलकण्ठको प्रस्तुत शेषशायी पोखरी परिसरमा अन्य देवीदेवताका मूर्तिहरू एवं शिवलिङ्गहरूका साथै सत्तल, पाटीहरूका साथ यज्ञशाला, होम कुण्डहरू पनि छन्। भगवानको दर्शन पूजन गर्नाले धन धान्यादिले परिपूर्ण हुनुका साथै स्त्री पुत्रबाट सुख सन्तोष भई अन्तमा नारायण गति प्राप्त हुन्छ भन्ने नेपाल महात्म्य, हिमवत्खण्डमा उल्लेख गरिएको छ।

भगवान् बूढानीलकण्ठको मूर्ति निकै पुरानो हो। यो कुन समयमा, कसले बनाएका हुन् सो कुरा कसैलाई ज्ञात छैन। किंवदन्ती अनुसार एक जना किसानले आफ्नो खेत खन्दा उक्त मूर्तिको खुट्टाको औँलामा चोट लाग्न गई रगत समेत देखिएकाले पछि सो स्थानमा उत्खनन गरी हेर्दा उक्त विशाल मूर्ति भेटिएको हो।

त्यसैगरी देवमाला वंशावलीमा राजा श्रृषभदेवले बूढानीलकण्ठको स्थापना गरेका हुन् भन्ने कुरा पनि उल्लेख छ तर उनले उत्खनन गरी जमीनमुनिबाट पाएको वा कुनै शिल्पीद्वारा बनाउन लगाई प्रतिष्ठित के गरेका हुन् स्पष्ट लेखिएको छैन। विक्रम संवत ३९८ मा राजा मानदेव प्रथमले धेरै शिवलिङ्गहरूको स्थापना गरे भन्ने त छ तर नीलकण्ठबारे केही उल्लेख छैन।

राजा प्रताप मल्ल बूढानीलकण्ठको उक्त भव्य मूर्तिलाई त्यहाँबाट हनुमानढोका दरबार लगी चोकमा राख्न एवं प्रतिष्ठापन गर्न चाहन्थे। यत्तिकैमा राजालाई सपनामा यो मूर्ति यहाँबाट कहीँ नलग्नु, स्थानान्तरण नगर्नु र तिमी र तिम्रा उत्तराधिकारीहरूले यो मूर्तिको दर्शन पनि नगर्नु, गरेमा अनिष्ठ हुनेछ भन्ने किंवदन्ती छ।

यसैले उनले हनुमानढोका दरबार परिसरमा बूढानीलकण्ठकोको प्रतिमूर्ति बनाउन लगाए र सो मूर्ती आज सम्म हनुमानढोका दरबार परिसरमा रहेको छ। यसै बेलादेखि नेपालका गद्दिनसिन राजालाई बूढानीलकण्ठको दर्शन वर्जित रहेको थियो।

यहाँ नीलकण्ठ भगवानको नित्य पूजारीहरूबाट स्नान, श्रृङ्गारको साथै श्रीखण्ड, चन्दन, केशरी, जौ, तिल, अक्षता, फूल दुबो चढाई धूप, दीप, नैवेद्य प्रसादमा मनभोग, मालपुवासमेत मिष्ठान्नको भोग लगाएर पञ्चोपचार एवं विशेष अवसरमा षेडशोपचारले वैदिक विधिपूर्वक भगवान्को पूजा गर्छन्।

दैनिक साँझ आरती हुन्छ। पूजाका लागि गुठीको व्यवस्था छ। यस पवित्र तीर्थस्थलमा श्रावण महिनाभरका सोमवारहरू, कार्तिक शुल्कद्वादशी र वैशाख महिनाभर मेला लाग्ने चलन छ। त्यसबेला भगवानको विशेष पूजा गरिन्छ।